Visplašāk pieņemtā hipotēze par aktīvo dūņu floku veidošanās mehānismu ir ekstracelulāro polimēru un pavedienu baktēriju savienojošā iedarbība. Tāpēc dūņu-ūdens atdalīšanas problēmu aktīvo dūņu sistēmās var izskaidrot arī no šādiem aspektiem:
1. Izkliedēta izaugsme
Parasti tiek uzskatīts, ka izkliedēta augšana, kas pazīstama arī kā anti-flokulācija vai dūņu sadalīšanās, galvenokārt rodas ārpusšūnu polimēru trūkuma vai šo polimēru savienojošās iedarbības traucējumu dēļ, novēršot aktīvo dūņu mikroorganismu salipšanu kopā. Faktori, kas var izraisīt izkliedētu augšanu, ir: pārmērīga ne-flokulējošu baktēriju augšana; zema divvērtīgo katjonu (piemēram, kalcija un magnija jonu) attiecība pret vienvērtīgajiem katjoniem (kālija un nātrija joniem); bioloģisko virsmaktīvo vielu pretflokulācijas iedarbība; saindēšanās ar dūņām toksīnu ievadīšanas dēļ; straujš F/M attiecības pieaugums, ko izraisa triecienslodzes vai dūņu zudumi; un liela-apgabala paskābināšanās un anaerobo dūņu sadalīšana aerācijas tvertnē.
Šādu floku izmēri ir ļoti atšķirīgi; lielāki floki ātri grimst, savukārt mazāki floki grimst lēni, veidojot pārtrauktu slāni ar duļķainu supernatantu.
2. Adatveida{1}}dūņu floki
Ja aktīvo dūņu flokās ir tikai floc{0}}līdzīgās baktērijas un nav pavedienveida baktēriju, tie parasti ir ļoti mazi (līdz 75 µm), irdeni un trausli. Šos flokus sauc par adatas{3}}dūņu flokiem.
Ja bioflokulācija ir neefektīva, turbulentā plūsma aerācijas tvertnē viegli sagriež šos flokus fragmentos, īpaši, ja tiek izmantota mehāniskā aerācija vai lielu burbuļu difuzors. Turklāt dažādi sūkņi, gravitācijas aizsprosti un līkumotās caurules var radīt turbulenci, tālāk sagriežot šos flokus mazos gabaliņos. Ja dūņu slodze (F/M) ir pārāk zema, dūņu novecošana var izraisīt arī adatas formas dūņu floku veidošanos.
Šo floku izmēri ievērojami atšķiras; lielāki floki nosēžas ātri, bet mazāki floki nosēžas lēni, veidojot pārtrauktu slāni ar duļķainu supernatantu.
3. Izkaisīti suspendēti floki
Reizēm uz sekundārās nostādināšanas tvertnes virsmas var redzēt vaļīgus floku, bet notekūdeņi paliek tīri. Nosēdināšanas testi parādīja, ka dūņu nosēšanās ātrums bija lēns. Šo parādību sauc par vaļīgu floku suspensiju. Galvenais iemesls ir pārāk liela dūņu slodze (F/M), aktīvo dūņu mikroorganismi atrodas logaritmiskās augšanas fāzē, kā rezultātā aktīvajās dūņās ir augsts enerģijas līmenis, spēcīga mikrobu aktivitāte, irdena dūņu floku struktūra, slikta floku veidošanās un grūtības nosēsties. Kad dūņu slodze ir atbilstoši samazināta, irdenie floki var pazust.